A principios del siglo XVI, Málaga era una ciudad recién conquistada a los musulmanes por los Reyes Católicos y aún conservaba muchos rasgos adquiridos en siglos anteriores. En efecto, los cristianos habían heredado una ciudad musulmana, la medina, que se hallaba rodeada por una muralla y contaba con siete puertas principales.
El 19 de agosto de 1487 los Reyes Católicos entraban en la ciudad, incorporándola a Castilla. La conquista se produjo después de un largo y sangriento asedio. Vaciada la ciudad, esta se repobló con cristianos procedentes, sobre todo, del valle del Guadalquivir que recibieron a través de los repartimientos lotes de casas y tierras. En 1489 se constituyó el Ayuntamiento como órgano de gobierno local, regulado por unas ordenanzas que se imprimieron en 1611. Se restauró la diócesis en 1488, siendo su primer obispo Pedro de Toledo. La ciudad quedó dividida en cuatro parroquias: Sagrario, Santiago, San Juan y los Mártires. La mezquita Aljama fue consagrada como Catedral y se iniciaron las obras de un nuevo templo en estilo gótico, del que se conserva la portada del Sagrario.
Desde principios del siglo XVI la ciudad crece fuera de las murallas, alrededor a los nuevos conventos de San Francisco, la Victoria, Santo Domingo, la Trinidad, el Carmen y Capuchinos. Se acometieron algunas reformas interiores como la creación de la Plaza Mayor, actualmente de la Constitución, que se convirtió en el espacio central de la ciudad y como sede del poder local, estableciéndose en ella el Ayuntamiento, quedando además embellecida con la Fuente de Génova. También se abrió en 1491 la calle Nueva para unirla con el puerto.
A partir del siglo XVI el cultivo de la vid se extendió por montes y valles, dando lugar a una creciente producción de vino y pasas destinada a la exportación. El comercio estaba controlado por mercaderes del norte de Europa y las actividades artesanales quedaron encuadradas en gremios. El aumento del tráfico marítimo hizo que, en 1588, comenzase la construcción de un nuevo puerto.
El crecimiento demográfico que se produjo a partir del siglo XVI pese a la expulsión de los judíos y de los moriscos, se vio ralentizado durante el XVII al producirse una sucesión de calamidades, tales como guerras, epidemias, inundaciones y terremotos.